Фамилия Шустаков образована от прозвища Шустак. В русских говорах слово «шуст» или «шуста» означало «плут», «пройдоха», «ловкий человек». Однако основное значение, от которого, скорее всего, пошла фамилия, — «шустрый», «проворный», «быстрый». В словаре Владимира Даля «шустый» — это бойкий, расторопный, а «шустак» — тот же корень, что и «шустун», «непоседа». Прозвище давали человеку подвижному, энергичному, возможно, даже суетливому.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Шустаков буквально значит «сын Шустака». Фамилия относится к распространённому типу на -ов, который в центральной России и на севере вытеснил другие формы. Интересно, что основа «шуст» встречается и в других фамилиях — Шустов, Шустиков, Шустров, — но Шустаков стоит особняком благодаря суффиксу -ак, который в прозвищах часто придавал оттенок характерности или уменьшительности (ср. Гуляк, Дурняк).

Географически фамилия не привязана к одной узкой области: Шустаковы встречаются и в северных губерниях (Вологодская, Архангельская), и в центральных (Тверская, Московская). Это говорит о том, что прозвище было общепонятным и не диалектным. В писцовых книгах XVI–XVII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с таким прозвищем, но конкретных знатных родов Шустаковых не зафиксировано — фамилия оставалась в основном крестьянской и мещанской.

Есть и другая, менее вероятная версия: от тюркского корня «шуст» («радость», «веселье») или от иранского «шуста» («чистый»). Но она не подтверждается ни распространением фамилии в тюркоязычных регионах, ни историческими документами. Правдоподобнее всего — чисто славянское происхождение от характеристики человека, который «шусто» двигался и всё делал быстро.