Фамилия Швагина — женская форма фамилии Швагин, и её разумнее разбирать через мужской вариант. Фамилия Швагин образована от прозвища или личного имени Швага. В основе почти наверняка лежит диалектное слово «швага» — так в ряде русских говоров, особенно на севере и в Сибири, называли тощую, худую женщину или, реже, невысокого щуплого мужчину. Слово это имеет ту же индоевропейскую основу, что и «худой» или «тощий», и родственно, например, немецкому «schwach» (слабый). Таким образом, первый носитель фамилии Швагин, скорее всего, получил прозвище Швага за худощавое телосложение или невысокий рост.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Швагин буквально означал «сын Шваги» или «человек из семьи Шваги». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от основ на -а или -я, и очень распространена в северных и центральных регионах России. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются на юге и востоке, Швагин — характерный пример именно северорусской ономастической традиции.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает основу с прозвищем от глагола «швагать» — в некоторых говорах это означало «болтать», «пустословить». Тогда Швага — говорун, пустомеля. Однако связь с худобой выглядит более прямой и подкрепляется устойчивым значением слова в диалектной лексике.

Встречается фамилия Швагин нечасто, но стабильно фиксируется в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — то есть в зоне бытования северных говоров, где слово «швага» было в ходу. В современных справочниках фамилия не относится к числу аристократических или купеческих: её носители — потомки крестьян или посадских людей, получивших прозвище по внешней примете.