Фамилия Швакоко — редкий случай, когда написание почти не оставляет сомнений в происхождении. В русской традиции фамилий на -о почти не образуют от русских корней, а если и образуют, то с другим ударением и грамматикой. Швакоко с ударением на последний слог — это почти наверняка украинская или западнорусская фамилия, причём не от имени, а от прозвища.

Основа «швак» в украинских и южнорусских говорах имеет два значения. Первое — «швак» как вариант слова «швачка», то есть портной или швея. Второе — диалектное «швакать» (говорить невнятно, шепелявить, или, наоборот, издавать резкие звуки). Повтор «ко-ко» в конце (суффикс -ок с чередованием или просто удвоение слога) мог возникнуть из-за особенностей произношения: в некоторых говорах фамилии на -ок при склонении теряют гласную (Швак — Швака), а форма Швакоко могла закрепиться как застывшая, не склоняемая. В украинской ономастике есть целый пласт фамилий с таким удвоением — Швайко, Швачко, и Швакоко, вероятно, их близкий родственник.

Географически фамилия тяготеет к западной Украине и югу России. В метрических книгах XIX века Швакоко встречается в Подольской и Волынской губерниях, а также среди казачьих родов Кубани — там украинское население массово принесло с собой подобные фамилии. Владельцы фамилии почти наверняка были из крестьян или мещан, так как дворянские роды с таким окончанием единичны и обычно имеют польское происхождение (Жевуско, Бжеско).

Есть и альтернативная версия, но слабая: связь с немецким «Schwacke» (слабость, изъян) или с турецким «şvak» (редкое слово, означающее «хрупкий»). Однако распространение фамилии именно в украинских регионах, а не в немецких колониях или на Кавказе, делает эти гипотезы маловероятными. Скорее всего, предок носителя фамилии был либо портным (шваком), либо человеком с характерной манерой речи, а двойной слог в конце — просто украинская диалектная черта, закрепившаяся в письменности.