Фамилия Сибгатулина происходит от мусульманского мужского имени Сибгатулла, которое представляет собой вариант более древнего имени Сибагатулла. Это имя складывается из двух арабских основ: «сибагат» — краса, облик, нрав или мысль, и «улла» — восходящего к слову Аллах. Смысл имени передают как «облик Аллаха» либо «мысль Аллаха», что в традиционной культуре звучало как пожелание ребёнку нести в себе божественную красоту и чистоту помыслов.

В основе фамилии лежит именно форма Сибгатулла, а не Сибагатулла. Такое упрощение гласных — типичный след живой разговорной речи: в быту длинное имена часто стягиваются, и это закрепилось в письменных документах. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Сибгатулина буквально значит «дочь (или жена) Сибгатуллы». Такая модель образования фамилий характерна для русскоязычной среды, куда имя попало вместе с татарами и башкирами, исповедующими ислам. У мужчин та же основа дала фамилию Сибгатуллин, а женская форма закрепилась за женщинами.

Имя Сибгатулла было распространено среди волго-уральских мусульман, поэтому фамилия Сибгатулина чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане и в регионах, куда переселялись татары, — например, в Оренбургской, Челябинской областях и в Сибири. Встречаются и написания с одной «л» — Сибгатулина или Сибгатулин, что связано с особенностями передачи арабского удвоенного звука в русских документах.

Процесс закрепления фамилий у татар и башкир шёл медленно и неравномерно, в основном в XIX — начале XX века, поэтому точное место и время возникновения конкретного рода Сибгатулиных можно установить только через генеалогические исследования. Сама по себе фамилия не указывает на сословие: её могли носить и муллы, и крестьяне, и купцы, поскольку имя не было привилегией какого-то одного слоя. Смысл имени, однако, говорит о том, что предки носителей фамилии были людьми верующими и ценили в имени религиозный подтекст, что было нормой для мусульманской среды.