Фамилия Сидунков — яркий пример того, как просторечная форма имени превратилась в устойчивую фамилию. В её основе лежит имя Сидун, которое является производной формой от канонического имени Сидор (от греческого «дар Изиды»). В русской народной среде было принято укорачивать полные имена: Сидор превращался в Сидун, так же как Иван — в Ванюн, а Пётр — в Петрун. Суффикс -ун придавал имени оттенок просторечия, а иногда и некоторой пренебрежительности, но в целом был обычным для деревенского быта.

Словообразовательная модель проста: к основе Сидун добавили типичный русский фамильный суффикс -ков, указывающий на принадлежность: «чей?» — Сидунков, то есть сын или потомок Сидуна. Это патронимическая фамилия, каких в России большинство. Интересно, что суффикс -ков, а не -ов, появился из-за того, что основа заканчивается на мягкий согласный «н» — в таких случаях по правилам русского языка добавляется именно -ков (сравните: Сидоров, но Сидунков).

Географически фамилия редкая. Она не встречается в боярских или дворянских родословных, а бытует в центральных и южных областях России, где имя Сидор было особенно популярно среди крестьян. По переписям XIX века носители фамилии Сидунковы фиксировались в Курской, Орловской и Тамбовской губерниях — регионах, где сохранялась архаичная народная речь.

Искать в фамилии какой-то иной, не связанный с именем корень не стоит. Версия о связи с «сидеть» или «сидень» (малоподвижный человек) лингвистически слаба: в таком случае фамилия звучала бы как Сиденков или Сиденьков. Ударение в фамилии падает на второй слог: Сиду́нков.