Фамилия Седунков — одна из тех, что сразу указывает на прозвище предка. В основе лежит слово «седун» или «седунья». В русских говорах так называли человека, который постоянно сидит, домоседа или медлительного, малоподвижного человека. Глагол «сидеть» дал множество производных, и «седун» — одно из них, с экспрессивным суффиксом -ун, который часто придаёт прозвищу оттенок постоянного действия или свойства (ср. «говорун», «молчун»). Таким образом, Седунков — потомок Седуна, то есть человека, получившего это прозвище за характер или образ жизни.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе прозвища (Седун) добавили патронимический суффикс -к- (уменьшительно-ласкательный или указывающий на принадлежность) и окончание -ов. Получилось «Седунков» — буквально «сын Седунка» или «из рода Седуна». Суффикс -к- здесь не обязателен, но он мог появиться в разговорной речи, где прозвище «Седун» могли превратить в «Седунок» (как «сынок» от «сын»), а затем закрепить в фамилии.

Географически фамилия редкая. Её можно встретить в центральных и северных областях России, где диалектные слова «седун» и «седунья» были в ходу. В письменных источниках, например, в переписных книгах XVII века, встречаются крестьяне с прозвищем Седун, но фамилия Седунков, скорее всего, оформилась позже, в XVIII–XIX веках, когда прозвища стали наследственными. Сословно носители, вероятно, были крестьянами или посадскими людьми, так как прозвище бытовое, не связанное с ремеслом или службой.

Стоит добавить, что однокоренные фамилии — Седунов, Седун, Седункин — встречаются чаще, но Седунков выделяется именно суффиксом -к-. Это не ошибка или искажение, а самостоятельная форма, которая могла возникнуть в конкретной местности или в одной семье. Если искать параллели в ономастике, то такая модель характерна для фамилий, образованных от прозвищ с уменьшительным оттенком (ср. Козлов — Козловков, Морозов — Морозовков), хотя Седунков не обязательно уменьшительное — скорее, вариант закрепления через форму «сын Седунка».