Фамилия Сиинский — одна из тех, что заставляют задуматься: что за корень «Си-» и откуда двойное «и»? На первый взгляд, она похожа на типичную фамилию-географа, образованную от названия места через суффикс -ский (раньше такие носили дворяне по своим владениям, а позже — духовенство и крестьяне по месту жительства). Но тут есть нюанс: название «Сиинск» или «Сия» вряд ли знакомо широкому кругу. Самое вероятное объяснение — связь с рекой Сия. В Архангельской области есть река Сия (приток Северной Двины), на которой стоит известный Сийский монастырь. Именно от этого гидронима или от названия поселения при монастыре и могла возникнуть фамилия Сиинский. Форма «Сиинский» с двойным «и» — это не ошибка, а закономерность: основа «Сия» даёт прилагательное «сиинский» (как «Зоя — зоинский»), где первое «и» принадлежит корню, а второе — суффиксу.

Вторая, менее очевидная версия — происхождение от прозвища или имени Сия (уменьшительная форма от Сидор, Силантий или даже от «сияющий»). Но тогда фамилия скорее имела бы вид Сиин или Сиев, а суффикс -ский указывает на принадлежность к местности. Поэтому гидронимическая версия выглядит убедительнее.

Фамилия редкая. В дореволюционных источниках она почти не встречается, что типично для фамилий, образованных от малоизвестных северных топонимов. Носители Сиинских, скорее всего, происходят из Поморья или с Русского Севера, где река Сия и окрестные деревни дали фамилию местным крестьянам или священнослужителям. Дворянского рода с такой фамилией не зафиксировано — это «географическая» фамилия, закрепившаяся за простыми людьми, переселившимися с берегов Сии в другие регионы.