Фамилия Силаенко образована по типичной для украинской и белорусской ономастики модели с суффиксом -енко. В XVII–XVIII веках этот суффикс означал «сын» или «потомок», а со временем закрепился как родовой, особенно на Левобережной Украине, в Слобожанщине и на юге России. В основе фамилии лежит либо полное крестильное имя Сила (от латинского Silas — «лесной», «житель леса»), либо его производная форма Силай. Имя Сила встречалось в святцах, но было редким — в народе его могли давать по обету или в честь апостола Силы, сподвижника Павла.

Вторая, более бытовая версия, связывает основу с прозвищем Сила или Силай. Так могли назвать физически крепкого, мощного человека. В говорах слово «сила» употреблялось и в переносном смысле — о человеке влиятельном, с большими возможностями. Если прозвище давали по характеру, то «Силаем» могли окрестить упрямца или человека, который «силой берёт». Прямых указаний на ремесло основа фамилии не содержит — в отличие, скажем, от Кузнецовых или Плотниковых.

Географически фамилия Силаенко тяготеет к Черниговской, Полтавской и Харьковской областям, а также к приграничным районам России — Курской и Белгородской областям. В документах XVIII века встречаются казаки и посполитые (крестьяне) с такой фамилией в реестрах Гетманщины. Суффикс -енко в тех краях был маркером непривилегированного сословия: дворянские фамилии чаще оформлялись через -ов/-ев или -ский.

Родственными по корню можно считать фамилии Силаев, Силаков, Силенко. Силаенко отличается от них именно суффиксом: если Силаев — это «сын Силая» в великорусской форме, то Силаенко — та же модель, но в украинской огласовке. Встречается также вариант написания через одно «н» — Силаенко, что не меняет значения, а лишь отражает особенности записи в метрических книгах XIX века.