Фамилия Силенина образована от имени Силеня — уменьшительной формы, которую в быту использовали для людей, носивших церковные имена Сила, Селиван, Селиверст или Селевкий. Все они восходят к христианскому каноническому имени Сильван, а то, в свою очередь, к латинскому Silvanus — «бог лесов». В древнеримской мифологии Сильван был покровителем лесов, полей и стад, так что первоначальный смысл имени — «лесной», «живущий в лесу».

Словообразовательная модель здесь простая и показательная: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Силенина — «дочь или жена Силены», а в более широком смысле — человек из рода Силеней. Такая модель типична для русских фамилий, которые складывались в XVI–XVII веках: сначала отчество на -ин закреплялось за детьми, а затем переходило в фамилию.

Имя Силеня в документах встречается редко, и это само по себе говорит о социальном происхождении рода. Уменьшительные формы в качестве основы фамилии чаще всего брали у простых крестьян и посадских людей: дворянские фамилии обычно опирались на полные канонические имена или прозвища. Поэтому правдоподобно считать, что основатель рода Силениных был человеком из простонародья, а его потомки со временем закрепили за собой отчество как родовое имя.

Любопытно, что фамилия сохранила именно народную, разговорную форму имени, а не церковную. Это типично для северорусских и поволжских говоров, где имена часто укорачивали и «обкатывали» в быту. Сравните с однокоренными фамилиями Силаев, Силантьев, Сильвестров — они образованы от других вариантов того же имени, и каждая хранит свой срез истории: кто-то записался по полному имени, а кто-то — по домашнему прозвищу.

Если говорить о географии, то фамилия Силенина распространена в центральных и северных регионах России, что косвенно подтверждает её крестьянское происхождение. Точных данных о первых носителях не сохранилось, но сам тип фамилии — от уменьшительного имени с суффиксом -ин — устойчиво связывается с допетровской эпохой, когда фамилии ещё не были обязательными и закреплялись стихийно.