Фамилия Синаева — женская форма, мужской вариант — Синаев. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Синай. Самая прямая версия: так могли назвать человека, побывавшего в паломничестве на Синайском полуострове, к горе Синай, где, по Библии, Моисей получил скрижали Завета. В русской традиции такие «географические» прозвища давали странникам, вернувшимся из дальних святых мест. Человек становился Синаем — и его дети записывались Синаевыми.

Менее очевидный, но возможный вариант — происхождение от крестильного имени Синай. В святцах есть несколько святых с таким именем, например мученик Синай, пострадавший в IV веке. Имя редкое, но в крестьянской среде, особенно в староверческих общинах, могли давать имена по церковным календарям, не ориентируясь на моду. Тогда Синаев — отчество от канонического имени.

Словообразовательная модель простая: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей сын?» — Синаев). Фамилия недворянская, типично крестьянская или мещанская. Встречается она нечасто, но с заметной концентрацией в Поволжье, особенно в Самарской и Ульяновской областях. Там, где в XIX веке жили старообрядцы, фамилии по библейской топонимике встречаются чаще. Возможна и вторичная связь: не с горой Синай, а с местным ойконимом — например, селом Синай в бывшей Саратовской губернии. Тогда фамилия указывает на выходца из этого села.

Другие версии, вроде связи с тюркским словом «сын» или искажением еврейской фамилии, выглядят натянутыми: суффикс -ев и географическое распространение говорят в пользу русского, реже украинского происхождения.