Фамилия Синдоян — одна из тех, где корень неочевиден, а суффикс сразу выдает географию. Окончание -ян указывает на армянское происхождение: в армянском языке этот суффикс образует фамилии со значением принадлежности, родства или происхождения, примерно как русские -ов/-ев. Так что Синдоян — «из рода Синдо» или «сын Синдо».

Самая вероятная основа — армянское слово «синд» или «синт», которое в диалектах может означать «слон» (от персидского «фил» через искажение) либо «сундук, ларь». В первом случае фамилия могла быть прозвищем — кого-то прозвали Синдо за крупное телосложение, неторопливость или силу. Во втором — предок мог быть ремесленником, делавшим сундуки, или торговцем, хранившим товар в ларях. Обе версии правдоподобны, но первая (прозвище по животному) встречается в армянских фамилиях чаще: аналогично образованы Арцруни (арцв — орёл) или Васпуракан (от названия области, но не суть).

Менее вероятно, но не исключено, что Синдо — это сокращение от личного имени, например Синдбад (арабского происхождения, известного по сказкам), или от тюркского имени, которое попало в армянскую среду через соседство. Однако прямых следов такого заимствования в ономастике нет — это скорее догадка.

Географически фамилия Синдоян тяготеет к западным областям исторической Армении, в частности к региону Васпуракан (озеро Ван и его окрестности), где диалекты сохраняли архаичные формы слов. В современной России и Армении фамилия встречается редко, что говорит о её локальном происхождении — вероятно, носители были выходцами из одного села или городка. Сословно предки могли быть и крестьянами, и ремесленниками: суффикс -ян не указывает на знатность, в отличие от -уни у древних княжеских родов. Синдояны — скорее всего, потомки свободных общинников или мастеровых, не привязанных к феодальной верхушке.