Фамилия Сисемова — женская форма мужской фамилии Сисемов, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Модель на -ов/-ев типична для русских фамилий, образованных от полных или уменьшительных форм крестильных имён, реже — от прозвищ. В данном случае основа «Сисем» явно нестандартна для славянского именослова, что сразу наводит на мысль о заимствовании или искажении.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским именем Сисем или Сисембек. В тюркских языках «сисем» может означать «твой голос» или быть частью составного имени с пожеланием благополучия. Учитывая, что фамилии на -ов/-ев в русской среде часто получали крещёные татары, башкиры или представители других народов Поволжья, предок Сисемовых мог носить личное имя Сисем, которое в метриках превратилось в родовое прозвание. География бытования фамилии — преимущественно юг России и Поволжье, что косвенно подтверждает тюркское происхождение.

Менее убедительна версия о связи с греческим именем Сисой (Сисой Великий, христианский святой). В этом случае ожидалась бы форма Сисоев или Сисов, а не Сисемов — суффикс -ем- здесь выглядит чужеродно. Возможно, это результат народной этимологии: при переписи редкое имя переделали на более привычный слух вариант с окончанием -ем, но документальных подтверждений такой трансформации нет.

Социальный контекст: фамилия недворянская, не встречается в родословных книгах. Скорее всего, предки Сисемовых — крестьяне или однодворцы, получившие фамилию при закреплении крепостного права или в ходе переписей XVIII–XIX веков. Встречаемость фамилии низкая — это редкая фамилия, не попавшая в массовые справочники, что делает её ценной для локальной генеалогии.

Что касается ударения — варианты Сисемов и Сисемов оба возможны, но в живой речи чаще фиксируется ударение на втором слоге: Сисемов. В женской форме Сисемова ударение сохраняется на том же слоге.