Фамилия Сисемов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если отбросить самый простой вариант — что она образована от фамилии Сисоев через диалектное или канцелярское искажение (Сисой → Сисемов), — то стоит копнуть глубже. Основа здесь не имя, а, скорее всего, прозвище или местный термин.

Первое, что бросается в глаза, — суффикс -емов. Он нетипичен для русских фамилий, образованных от полных крестильных имён (там чаще -ов/-ев, -ин). Такой суффикс мог появиться в притяжательной форме от имени или прозвища, оканчивающегося на мягкий согласный или на -ем. Например, в основе могло лежать тюркское или финно-угорское слово. В тюркских языках есть корень «сис» — «опухоль, шишка», а в некоторых говорах так называли человека с болезненной внешностью или, наоборот, с физической силой (от «сис» — «тугой, упругий»). Тогда Сисем — это человек, которого так прозвали, а Сисемов — его потомок.

Вторая версия — связь с диалектным словом «сисем» или «сисема». В севернорусских говорах (особенно в архангельских и вологодских) «сисем» — это «сосунок», детёныш зверя или даже сосущий грудь ребёнок. В таком случае прозвище Сисем могли дать либо младшему в семье, либо человеку с капризным, «детским» характером. Фамилия могла закрепиться в крестьянской среде Русского Севера, где такие прозвища были обычны.

С точки зрения географии фамилия Сисемов встречается в единичных записях — в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает версию о тюркском или смешанном (финно-угорском с русским) происхождении. Никаких известных дворянских родов с такой фамилией нет — это однозначно крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не позднее XVII–XVIII веков, когда прозвища начали массово превращаться в наследственные фамилии.

Что касается альтернативных гипотез — например, от имени Сисой через форму Сисем (как Иванов — Иванемов), — они слабы, так как в русской ономастике нет продуктивной модели «имя на -ой → фамилия на -емов». Скорее всего, перед нами пример фамилии, в основе которой лежит редкое местное прозвище, не попавшее в общерусские словари, но сохранившееся в памяти одного рода.