Фамилия Скалкова — женская форма фамилии Скалков, и её происхождение напрямую связано с основой «скалк-». В русском языке слово «скалка» имеет два основных значения: деревянный валик для раскатывания теста (предмет домашнего обихода) и, в диалектах, небольшая скала, каменистый выступ. Фамилия могла образоваться от прозвища человека, связанного с одним из этих значений.

Если отталкиваться от бытового значения, Скалкой в крестьянской среде могли прозвать пекаря или хлебопёка, того, кто постоянно работал со скалкой. В таком случае фамилия относится к группе «профессиональных» прозвищ, как, например, Топоров или Ножов. Менее распространённая, но возможная версия — прозвище по характеру: «скалка» как нечто твёрдое, упрямое, несгибаемое.

Вторая версия, связанная с географией, опирается на диалектное слово «скалка» — каменистая гряда, утёс. В говорах южных и центральных областей России так называли невысокие скалистые обрывы. Прозвище Скалка мог получить человек, живший у такого места, или выходец из деревни с похожим названием. Например, в Тверской и Новгородской губерниях встречались топонимы Скалково, Скалки.

Суффикс «-ов» в фамилии Скалков (а значит, и Скалкова) указывает на типичную русскую модель образования от прозвища или имени: «чей?» — «сын Скалки». Фамилия фиксируется в основном в центральных и северо-западных регионах России, особенно в бывших Новгородской и Псковской губерниях, где ландшафт изобилует известняковыми обнажениями, которые в местных говорах и называли скалками. Встречается она и на Урале, где слово «скалка» также употреблялось для обозначения каменных гребней.

Таким образом, Скалкова — фамилия с прозрачной, но не единственной этимологией. Скорее всего, её основа — прозвище пекаря или человека, жившего у скалистого берега, а суффикс указывает на принадлежность к роду такого человека. Другие, более экзотические версии (например, от польского «skałka» — кремень) не находят серьёзного подтверждения в русской ономастике, так как фамилия имеет чёткую русскую словообразовательную модель.