Фамилия Скальный — редкий пример фамилии, образованной напрямую от прилагательного, а не от прозвища или профессии. В русской ономастике такие модели встречаются, но составляют меньшинство: обычно фамилии на -ый/-ий давали выходцам из духовенства (семинарские фамилии) или крестьянам, получившим прозвище по внешности или характеру. В случае Скальный основа «скал-» указывает на камень, скалу, твёрдую породу.

Самый правдоподобный путь появления — прозвище Скала, которое затем перешло в фамилию через суффикс -н- и окончание -ый. Прозвище могли дать человеку с крепким, непоколебимым характером, либо тому, кто жил у скал, на каменистой почве. В говорах «скала» могла означать не только горную породу, но и вообще большой камень, валун, а на севере — даже утёс на берегу. Поэтому носитель фамилии мог быть уроженцем скалистой местности, например, в Карелии, на Урале или в Крыму.

Суффикс -н- в данном случае типичен для притяжательных прилагательных, образованных от существительных: Скала → Скальный (буквально «относящийся к скале»). Модель не самая распространённая в крестьянской среде, но встречается у фамилий, которые фиксировались в документах поздно, в XVIII–XIX веках, когда прилагательные стали оформлять окончанием -ый вместо более ранних -ов/-ев.

В Украине и Беларуси фамилия могла возникнуть независимо от русской традиции: там «скальний» означает «каменный» или «скалистый», и фамилию могли дать человеку, работавшему в каменоломне. В польском языке есть фамилия Skalny, что указывает на возможное западное влияние: в Речи Посполитой такие фамилии давали шляхте по названию имения или местности (например, Скальники).

Написание с одним «н» — исторически верное, поскольку слово «скала» имеет только одну «л», а суффикс -н- не удваивается. Встречающиеся варианты «Скалльный» или «Скалной» — результат канцелярских ошибок или поздней адаптации. Географически фамилия встречается в основном в центральной России и на Урале, реже — в Сибири, что косвенно подтверждает связь с местами добычи камня или с прозвищем по характеру.