Фамилия Скаргин — одна из тех, что кажутся на слух необычными, но при разборе оказываются крепко сшиты из простых и понятных элементов. Её основа — прозвище или мирское имя Скарга. В русских говорах, особенно северных и сибирских, слово «скарга» означало сварливого, брюзгливого человека, любителя жаловаться и спорить. Глагол «скаржиться» (жаловаться, роптать) до сих пор живёт в диалектах. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, получил её за характер — не от злости, а от привычки постоянно выражать недовольство.

Модель образования типична для русских фамилий на -ин: суффикс указывает на принадлежность, отвечая на вопрос «чей?». Скаргин — сын или потомок Скарги. Поскольку основа заканчивается на -а, суффикс -ин, а не -ов, закономерен. В этом смысле фамилия стоит в одном ряду с Путятиным, Молчалиным или Грязновым, где в основе лежит прозвище, а не каноническое имя.

Есть и менее вероятная, но ономастически возможная версия: связь с польским словом «skarga» (жалоба, иск). В Речи Посполитой так могли назвать сутягу или человека, постоянно подающего челобитные. Однако для фамилии Скаргин, распространённой в основном на русском Северо-Западе и в бывших новгородских землях, версия с местным диалектным «скарга» выглядит убедительнее. Польское влияние здесь минимально, а вот новгородская «склочность» в прозвищах — факт известный.

В исторических документах фамилия встречается нечасто, что говорит о её преимущественно крестьянском или посадском происхождении. Скаргины не были боярским родом — это фамилия людей, которым дали прозвище по заметной черте поведения. Со временем, когда прозвище забылось, фамилия стала просто родовым именем, утратив первоначальную окраску. В современной России Скаргины встречаются рассеянно, без ярко выраженного гнезда, что типично для фамилий, не привязанных к конкретному поместью или ремеслу.

Что примечательно: в отличие от многих «характерологических» фамилий (Злобин, Добрынин), Скаргин сохранил редкий корень. Если Злобиных — тысячи, то Скаргины — штучный товар. Это делает фамилию хорошим маркером для генеалогического поиска: найти своих предков по такой фамилии проще, чем по Ивановым.