Фамилия Скиндерев — редкий случай, когда основа угадывается не сразу, а суффикс подсказывает ключ к разгадке. Модель образования здесь классическая для русских фамилий: притяжательный суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного) присоединён к прозвищу или профессиональному имени Скиндерь. Вопрос в том, что скрывается за этим корнем.

Вероятнее всего, Скиндерев восходит к слову «скиндерь» — так в псковских и тверских говорах называли мелкую рыбу, обычно снетка или уклейку. Прозвище могли дать невысокому, худощавому человеку или, наоборот, рыбаку, чей промысел был связан с ловлей этой рыбы. В пользу этой версии говорит и география: фамилия встречается прежде всего на северо-западе России, в Псковской и Новгородской областях, где снеток был традиционным объектом лова.

Есть и другое объяснение: в некоторых диалектах «скиндерь» означало «скряга», «скупой человек». Тогда прозвище носило бытовой, оценочный характер — так могли окрестить прижимистого соседа или родственника. Обе версии не противоречат друг другу, но первая, «рыбная», подкреплена региональной привязкой и тем, что прозвища по роду занятий в русской ономастике встречаются гораздо чаще, чем прозвища по чертам характера.

Фамилия недворянская, скорее всего крестьянская или мещанская. В дореволюционных источниках она почти не встречается за пределами северо-западных губерний. Скиндеревых можно найти в метрических книгах Псковской губернии конца XIX века — например, в Островском уезде. В советское время фамилия расселилась шире, но осталась малочисленной.

В написании возможна путаница: в некоторых источниках фигурирует вариант Скиндеров (с твёрдым суффиксом -ов), но это, скорее всего, искажение при переписи или опечатка. Правильная форма — через -ев, так как основа оканчивается на мягкий согласный (рь).