Фамилия Скиндирова — женская форма, а мужская, Скиндиров, образована по распространённой модели с суффиксом -ов. В центре внимания здесь не столько суффикс, сколько сама основа — Скиндир, которая звучит нехарактерно для славянского уха. Это прямой намёк на то, что корни фамилии лежат за пределами русской ономастики, скорее всего, в тюркских языках.

Самая вероятная версия связывает Скиндира с тюркским словом, восходящим к корню «скинды» (или близким к нему вариантам). В ряде тюркских наречий, особенно в карачаево-балкарском или кумыкском, «скинди» может означать «сломанный» или «разбитый». Но это не обязательно прямое указание на физический изъян. В прозвищах такое слово часто использовалось в переносном смысле: например, «сломленный» человек, неудачник, или, наоборот, человек с крутым нравом, которого «не сломать». Есть и другая, менее распространённая гипотеза: что основа — это искажённое «скендер» (турецкое и балканское имя Искандер, то есть Александр), но фонетически переход «скендер» в «скиндир» маловероятен, поэтому версия с тюркским прозвищем выглядит убедительнее.

Географически фамилия Скиндирова встречается преимущественно на Северном Кавказе — в Дагестане, Чечне, Ингушетии, а также среди казачьих родов Терского войска. Это не случайно: именно в этих регионах веками происходил интенсивный контакт славянского и тюркоязычного населения. Предок-носитель такого прозвища мог быть либо выходцем из тюркской среды, принявшим православие, либо русским, получившим прозвище от соседей-горцев. В любом случае, фамилия Скиндирова — яркий пример того, как межэтнические связи на южных рубежах России оставили след в русском фамильном фонде.