Фамилия Скирденко — характерный пример украинской фамилии, образованной по самой распространённой в этой среде модели: с помощью суффикса -енко. В XVII–XVIII веках этот суффикс в украинских землях означал «сын» или «потомок», постепенно вытеснив более старые формы на -ович. Так что Скирденко — это буквально «сын Скирды».

Основа фамилии — прозвище Скирда. В славянских языках скирда — это большой стог сена или соломы, уложенный особым способом для хранения под открытым небом. Прозвище могли дать крепкому, плотному человеку, напоминающему формой или устойчивостью такую кладь. Но возможен и иной, профессиональный смысл: Скирдой могли называть того, кто умел складывать скирды, — работника, занимавшегося уборкой и хранением сена. В украинских говорах слово «скирда» имело также значение «груда», «куча», что допускает ироничное прозвище для неопрятного или запасливого человека.

Географически фамилия Скирденко привязана к центральным и восточным регионам Украины, особенно к Полтавщине, Черкащине и Слобожанщине. В этих местах фамилии на -енко составляют подавляющее большинство. В российских переписях XIX века фамилия встречается редко и почти исключительно в малороссийских губерниях, что подтверждает её происхождение.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Скирда, Скирдин, Скирдов — показывает, что украинская форма с суффиксом -енко оказалась самой устойчивой, в то время как русские варианты чаще оформлялись через -ин или -ов, указывая на принадлежность конкретному лицу. Социально фамилия Скирденко почти наверняка крестьянская или казацкая: в среде ремесленников и мещан такие прозвища не приживались, а у шляхты были приняты другие модели.