Фамилия Скирдонова — женская форма мужской фамилии Скирдонов. Её основа — прозвище Скирдон, которое напрямую связано со словом «скирда» (большая куча сена или соломы, сложенная для хранения). В русских говорах существовал и глагол «скирдовать» — укладывать сено в скирды. Таким образом, Скирдоном могли прозвать человека, который занимался этим делом: крестьянина, сенокосчика, либо того, кто следил за укладкой стогов. Фамилия образована по типичной русской модели: к основе Скирдон добавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Скирдона). Суффикс -он в основе скорее всего фамильярно-увеличительный: так могли называть рослого, плотного человека, похожего на скирду, или того, кто работал особенно много.

В отличие от более распространённой фамилии Скирдов (от той же «скирды»), форма Скирдонов встречается реже. Она могла закрепиться в северных или центральных губерниях России, где сенокос был основным занятием. По данным переписей, носители фамилии Скирдоновы фиксировались в Вологодской и Костромской областях, а также в Сибири, куда переселенцы принесли свой говор. Интересно, что в некоторых местных говорах «скирдоном» называли не только стог, но и неуклюжего, неповоротливого человека — эта параллель могла дать прозвище, но первичным, скорее всего, остаётся ремесленный смысл.

Сословно эта фамилия почти наверняка крестьянская. Дворянских родов Скирдоновых в Российской империи не зафиксировано. Встречаются единичные упоминания в метрических книгах XIX века: например, в деревнях под Великим Устюгом. Сейчас фамилия остаётся редкой — её носители живут в основном на севере европейской части России и за Уралом.