Фамилия Скирдонов — один из тех случаев, когда разбор упирается не в имя, а в предмет. Основа здесь не от крестильного имени, а от нарицательного слова «скирда» или «скирд» — большой стог сена или соломы, плотно уложенный для долгого хранения. Человек, получивший такое прозвище, мог быть либо крестьянином, отвечавшим за укладку скирд (скирдоправом), либо владельцем заметного скирда, либо просто коренастым, плотным человеком, которого с кем-то или с чем-то сравнили.

Суффикс -онов в этой фамилии — вариант фамильного суффикса -ов, который возник после того, как основа «Скирдон» была воспринята как имя на твёрдый согласный. Сама же форма «Скирдон» — это не полное имя, а обиходное прозвище, образованное по той же модели, что и «Дормидон» от греческого имени, но здесь уже чисто русская, бытовая основа. Фамилия редкая, и её география, скорее всего, привязана к южнорусским и центральным чернозёмным областям, где скирды были основной формой хранения зерновых и сена, а не к северу, где стога чаще называли «зарод» или «одонье».

Ошибочно было бы искать здесь греческие корни (от «скиртос» — прыгать или от имени Скирдон как варианта Спиридона). В русских говорах «скирда» — слово общеславянское, и прозвище Скирдон фиксируется в старых документах (например, в актах XVII века встречаются крестьяне с этим прозвищем). Фамилия Скирдонов, таким образом, — прямая профессиональная или прозвищная, без посредничества канонического имени. Сравните с однокоренными Скирдов, Скирдин, Скирда — все они из одного хозяйственного гнезда, но Скирдонов выделяется более сложной, «уважительной» суффиксальной формой, как если бы прозвище уже воспринималось почти как полное имя.