Фамилия Скобенюк — яркий пример украинской модели фамилий на -юк. В ономастике этот суффикс называют «патронимическим»: он указывал на сына или потомка человека, чьё имя или прозвище легло в основу. То есть Скобенюк — это буквально «Скобенев сын» или «потомок Скобеня». Формант -юк особенно характерен для западных регионов Украины: Волыни, Подолья, Галичины, а также юга Беларуси.

Основа фамилии — прозвище или уменьшительное имя Скобень. Здесь возможны два пути. Первый — от древнего славянского слова «скоба», «скобка». Скобенем могли прозвать человека, который занимался изготовлением скоб, кузнеца или плотника, работающего со скобами (в строительстве, бондарстве). Второй вариант — от глагола «скобить» в значении «скреплять, сковывать». В таком случае прозвище могло быть метафорическим: Скобенем называли человека крепкого, «скрепляющего» семью или общину, либо, напротив, скупого, «зажимающего» добро.

Менее вероятна, но допустима версия, связывающая прозвище с диалектным «скобень» — так в некоторых говорах называли стружку, щепку, а иногда и неопрятного человека. Однако в контексте фамилий ремесленные прозвища встречаются чаще, чем бытовые оскорбительные.

С точки зрения истории, фамилия Скобенюк — поздняя, окончательно закрепившаяся не ранее XVII–XVIII веков, когда патронимические фамилии на -ук/-юк стали массово фиксироваться в казацких реестрах и церковных метриках. Носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьянской или ремесленной среды, а не из шляхты — суффикс -юк в Польше и Речи Посполитой был маркером простонародья.

В России фамилия встречается редко, в основном в приграничных с Украиной областях (Брянская, Белгородская) и среди потомков переселенцев с Западной Украины. Ударение, как правило, падает на последний слог — Скобеню́к, что тоже указывает на украинское происхождение.