Фамилия Скобунова — женская форма мужской фамилии Скобунов, и её разбор стоит начать с редкой и неочевидной основы. В отличие от распространённых «профессиональных» фамилий (Кузнецов, Плотников), корень здесь спорный, и ономасты обычно указывают на две версии.

Первая и наиболее вероятная: основа «скобун» — диалектное или профессиональное прозвище. В русских говорах «скоблить» значит скрести, строгать, а «скобун» могло обозначать человека, который занимался скоблением — например, обрабатывал дерево или кожу, сдирал кору, чистил рыбу. Это ремесленное прозвище, дававшееся по действию, а не по названию инструмента (скобель). Суффикс -ун в русских прозвищах типичен для деятелей: бегун, крикун, ворчун. Скобунов — буквально «сын скобуна», то есть потомок мастера-скоблильщика.

Вторая версия связывает фамилию с топонимом. В некоторых областях (например, в бывшей Вологодской губернии) встречались деревни с названием Скобуново. В этом случае фамилия могла образоваться от названия места, где жил род, по модели «человек из Скобунова». Но версия с прозвищем выглядит первичной: деревни часто называли по прозвищам первопоселенцев, а не наоборот.

Суффикс -ов/-ев — стандартный патронимический формант, указывающий на принадлежность. Фамилия Скобунова, как и подавляющее большинство русских фамилий, возникла в среде крестьянства и посадских людей не позднее XVII века. Она не относится к дворянским или княжеским родам — её носители были, скорее всего, ремесленниками или государственными крестьянами, обрабатывавшими лес или кожу.

Географически фамилия редкая. Основные очаги бытования — северные и центральные регионы России: Архангельская, Вологодская, Костромская области. Встречается она и на Урале, куда переселенцы принесли её в XVIII–XIX веках. За пределами России фамилия практически не фиксируется.

Таким образом, значение фамилии Скобунова прозрачно, хоть и не лежит на поверхности: предок носителя носил прозвище Скобун, данное за характерное занятие — скобление, строгание или чистку чего-либо. Это фамилия-характеристика, типичная для северорусской антропонимии, где прозвища по ремеслу и действию были особенно распространены.