Фамилия Скобунов — один из тех случаев, когда прозвище предка напрямую связано с инструментом и ремеслом. Основа фамилии — «скобун». В старину так называли мастера по изготовлению скоб: металлических крепёжных деталей, которые использовали в строительстве, бондарстве и кораблестроении. Скобы были нужны повсеместно: от деревенских ворот до церковных куполов, поэтому профессия скобуна была востребованной, хоть и узкой.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей сын?» — Скобунов, то есть сын Скобуна. Интересно, что слово «скобун» не было широко распространённым диалектизмом. Оно встречается в северных и центральных говорах, где плотницкое дело имело глубокие традиции. Это даёт основание предполагать, что фамилия могла возникнуть в среде артелей мастеровых людей, работавших на заказ — в сёлах или при монастырских стройках.

Словообразовательная цепочка прозрачна: глагол «скоблить» (строгать, скрести) → «скоба» (изогнутая металлическая полоса) → «скобун» (мастер, делающий скобы). В отличие от фамилий, образованных от имени или внешности, Скобунов почти наверняка профессиональная. Другие версии — например, связь с диалектным «скобун» в значении «скупой, прижимистый человек» — менее убедительны: такая характеристика редко становилась основой для устойчивого прозвища в ремесленной среде.

Фамилия редкая. В дореволюционных списках она не встречается массово, что говорит о её локальном характере. Скорее всего, род Скобуновых берёт начало в одной из северных губерний — Архангельской, Вологодской или Вятской. В современной России носители фамилии рассеяны, но заметной концентрации нигде нет. Это типичная «фамилия одного гнезда», которая не разошлась широко за пределы первоначального района.

При разборе важно не путать её с однокоренной, но отдельной фамилией Скоблов. Скоблов образована от прозвища «Скобель» (инструмент для строгания), а Скобунов — именно от названия мастера. Разница в суффиксе (-ун вместо -ель) как раз и указывает на деятеля, а не на предмет.