Фамилия Скобун — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив свою первоначальную звуковую форму. В ней нет типичных фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский, что указывает на её позднее закрепление в качестве фамилии — скорее всего, в XIX веке, когда фиксация прозвищ в документах стала массовой. Такая модель (чистая основа без суффикса) чаще встречалась на Украине и в южнорусских губерниях, но не исключена и в других регионах, где крестьяне получали фамилии по уличному прозвищу.

Основа фамилии — слово «скобун». В русских говорах так называли человека, который постоянно скоблит, скребёт, или того, кто занимается скоблением — например, скоблёвкой досок, очисткой кож, шкур. В псковских и новгородских диалектах «скобун» означало ещё и скрягу, прижимистого человека, который «скоблит» каждую копейку. Есть и другая версия: в некоторых местах «скобуном» звали того, кто делал скобы — металлические крепления для дверей, сундуков, телег. То есть предок мог быть кузнецом, плотником или просто человеком с цепким, хозяйственным характером.

Интересно, что фамилия Скобун не имеет однозначного аналога в других славянских языках. В польском и белорусском есть похожие «скобель», «скоблик», но именно «скобун» — форма яркая, с активным суффиксом -ун, который в русском языке часто давал прозвища по действию (говорун, ворчун, шатун). Это подчёркивает, что прозвище было дано за конкретное занятие или поведение, а не за внешний признак.

Географически фамилия встречается редко, но заметна в записях по югу России и Украине. В метрических книгах XIX века Скобуны отмечены в Харьковской и Полтавской губерниях, что согласуется с украинской традицией фамилий без суффиксов. В центральных и северных губерниях фамилия почти не фиксируется, что говорит о её локальном происхождении.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, ремесленниками. Дворянских родов с такой фамилией не известно — она не попала в «Бархатную книгу» или списки служилого сословия. Это фамилия простого человека, чьё прозвище точно описывало его дело или характер.