Фамилия Скабун — редкий пример фамилии, образованной от прозвища, которое не имеет очевидных параллелей в литературном русском языке. Её основа, скорее всего, восходит к южнорусским или украинским говорам, где слово «скаба» или «скабка» означало занозу, щепку, а в переносном смысле — приставучего, колючего человека, того, кто «впивается» как заноза. Таким образом, первый носитель прозвища Скабун мог быть человеком с неуживчивым, цепким характером либо, напротив, очень худым, «щепетильным» телосложением.

Суффикс -ун в русских фамилиях и прозвищах указывает на деятеля, склонного к действию или обладающего ярко выраженным признаком. Сравните: говорун, крикун, хвастун. Скабун — это тот, кто «скабит», то есть колется, пристаёт, досаждает. Модель образования типична для восточнославянской антропонимии, но сама основа встречается нечасто, что делает фамилию локально привязанной к регионам, где бытовало это диалектное слово.

В исторических документах фамилия Скабун фиксируется преимущественно на территории современной Беларуси и западных областей России, особенно в Смоленской и Брянской губерниях. Это указывает на то, что прозвище могло быть связано с местным говором, где «скаба» — не только заноза, но и заусенец, шероховатость на дереве. Возможно, предок-носитель фамилии был плотником или столяром, работавшим с необработанной древесиной, и получил прозвище по характерной мозоли или занозе, либо по манере работы.

Спорных версий немного. Иногда основу пытаются связать с тюркским корнем «скаб» (скот, товар), но это маловероятно: фамилия явно славянская по словообразованию, а тюркские заимствования в такой форме в русских говорах не зафиксированы. Более правдоподобно, что Скабун — вариант фамилии Скаба, где суффикс -ун добавил экспрессивности.

Встречаемость фамилии невысока, носители рассеяны по России, Украине и Беларуси, но наибольшая концентрация сохраняется в историческом ареале — на границе Смоленщины и Витебщины. Известных исторических личностей с этой фамилией нет, что типично для фамилий крестьянского и мещанского сословия, которые редко попадали в энциклопедии.