Фамилия Скубун — редкая и неочевидная для русского уха. Её основа не связана с распространёнными славянскими корнями вроде «кузнец» или «мельник», и суффикс здесь нестандартный. Если отбросить привычные -ов/-ев или -ин, остаётся «чистая» основа, которая сама по себе стала фамилией. Это указывает на украинское или белорусское происхождение: в этих языках фамилии без суффикса (так называемые «патронимы в нулевой форме») встречаются чаще, чем в великорусской традиции. Сравните: Скубун, Гайдук, Коваль — все они образованы напрямую от прозвища или профессии, без дополнительного приращения.

Корень «скуб-» отсылает к глаголу «скубати» (укр., белор.) — дёргать, щипать, теребить. В диалектах это слово могло означать «щипать лён» или «ощипывать птицу». Соответственно, прозвище Скубун могли дать человеку, который занимался обработкой льна — теребил и очищал волокно. Это ремесло было распространено в крестьянских хозяйствах Полесья и Поднепровья, где лён был одной из основных культур. Менее вероятно, но возможно, что прозвище отражало характер: «скубун» — тот, кто постоянно дёргает, придирается, либо, наоборот, суетливый, непоседливый человек.

Встречается фамилия преимущественно на западе и юге Украины, а также среди переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. В дореволюционных метрических книгах Скубуны фиксировались в Волынской, Киевской и Подольской губерниях. Социально это почти всегда крестьяне или мещане — дворянских родов с такой фамилией не известно. В современной России фамилия остаётся малочисленной, что делает её хорошим маркером конкретной региональной ветви: если вы встретили Скубуна, скорее всего, его предки вышли из украинского или белорусского села, где занимались льноводством.

Словообразовательная модель проста: основа «скуб-» плюс суффикс -ун, типичный для украинских прозвищ, обозначающих деятеля (ср. «брехун», «стригун»). Ударение, судя по произносительной практике, падает на второй слог — Скубу́н. Варианты написания в старых документах могли колебаться: Скубунь, Скубунъ, но единая форма закрепилась без мягкого знака. Однокоренных фамилий немного: Скуба, Скубенко, Скубеня — все они восходят к тому же глаголу и указывают на одно занятие.