Фамилия Скочина принадлежит к группе русских фамилий, образованных от прозвищ, и её разбор стоит начать с корня и суффикса. Основа «Скоч-» восходит к диалектному слову «скочить» — прыгнуть, вскочить, или к существительному «скок» (прыжок). Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Скочина буквально означает «дочь или жена Скочи». Мужской вариант — Скочин — строится по той же модели, где «-ин» присоединяется к основе, оканчивающейся на гласный или мягкий согласный.

Прозвище Скоча, от которого пошла фамилия, могло характеризовать человека по поведению. В говорах «скоча» — непоседа, тот, кто всё время скачет, суетится, не стоит на месте. Возможна и другая версия: в некоторых областях «скочить» означало «сбежать», «уйти тайком», и прозвище могли дать беглому или скрытному человеку. Третья, менее вероятная гипотеза связывает фамилию с профессией: «скочник» в старообрядческой среде — мастер, делавший скобы и металлические застёжки, но эта форма скорее дала бы фамилию Скочников.

Географически фамилия Скочина встречается редко, преимущественно в центральных и южных областях России. В документах XVII–XVIII веков, например, в переписных книгах Курского уезда, упоминаются крестьяне с прозвищем Скоча, что подтверждает народное, недворянское происхождение фамилии. Скочины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — фамилия не имеет «-ский» окончания, типичного для дворянских родов.

Однокоренные фамилии — Скочков, Скочилов, Скочко — построены от тех же корней, но с разными суффиксами. Скочина стоит особняком из-за редкого окончания «-ина» при мужской основе, оканчивающейся на гласный: это архаичная модель, которая в современном русском языке почти не используется для образования новых фамилий.