Фамилия Скокшин — редкая, и её разбор требует внимания к суффиксу. В русских фамилиях есть два похожих патронимических суффикса: -ин (от основ на -а/-я) и -ын (от основ на твёрдый согласный, с беглой гласной). Скокшин оканчивается на -ин, но основа перед ним — «Скокш-», а не «Скокша». Это наводит на мысль, что исходная форма могла быть Скокша или Скокш. Если Скокша — тогда суффикс -ин стандартен (как у фамилии Скокша → Скокшин). Если же основа Скокш — то -ин мог появиться из-за народной этимологии или путаницы с более частым -ин, хотя по правилу следовало бы ждать Скокшин из Скокша. В любом случае, корень просматривается: «скок» — прыжок, скачок. Прозвище Скокша могли дать человеку быстрого, порывистого нрава, либо тому, кто «скакал» на коне — например, гонцу или всаднику.

География фамилии узкая. Скокшины встречаются в основном в северных и центральных регионах России, особенно в Архангельской, Вологодской областях и в Поволжье. Это не случайно: в северных говорах слово «скокша» могло означать не только прыжок, но и «вертлявого человека», «непоседу». В словаре Даля есть «скок» — прыжок, и «скокать» — скакать, но прямого слова «скокша» нет, что указывает на диалектное или прозвищное происхождение.

По модели образования фамилия Скокшин — типичный пример патронимической фамилии от прозвища, а не от крестильного имени. В отличие от распространённых Ивановых или Петровых, Скокшины не связаны с церковным календарём. Это значит, что предок получил прозвище за поведение или занятие, и оно закрепилось за родом. Социальный статус первых носителей — скорее всего, крестьяне или посадские люди, так как фамилии на -ин от прозвищ редко встречались у дворян до XVII века.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Скоков, Скоковский, Скок — показывает, что основа «скок» продуктивна, но суффикс -ш- в Скокшине редок. Он мог появиться через форму Скокша, где -ш- — уменьшительный суффикс (как в «малыш» от «малый»). Таким образом, Скокша — это «маленький скок», то есть прозвище для юркого или невысокого человека. Фамилия сохранила эту диалектную особенность, и её носители могут считать, что их предки были заметны именно подвижностью и живостью.