Фамилия Скорюнов — одна из тех, чья основа на первый взгляд кажется прозрачной, но при ближайшем рассмотрении открывает несколько возможных путей. Главная версия отталкивается от древнерусского нецерковного имени или прозвища Скорюня. В его основе лежит слово «скорый» — в старорусском языке оно означало не только «быстрый», но и «проворный», «поспешный», а также могло характеризовать человека резкого, нетерпеливого или торопливого в делах. Суффикс -юн- (как в Воробей — Воробьюн, Худой — Худюня) в таких прозвищах придавал оттенок просторечности и бытовой фамильярности: Скорюня — «тот, кто постоянно спешит» или «человек с быстрой реакцией».

Словообразовательная модель типична для русских фамилий на -ов: от прозвища Скорюня (с усечением конечного -я) образовали притяжательное прилагательное Скорюнов — «сын Скорюни». Фамилия вписывается в ряд однокоренных: Скорятин, Скородумов, Скориков, но Скорюнов выделяется именно редким суффиксом -юн-, который встречается в прозвищах нечасто. Встречается и более спорная версия, связывающая основу с диалектным словом «скорюн» — так в некоторых северных говорах называли скорняка, мастера по выделке кож. Однако это объяснение менее вероятно: слово «скорюн» в значении «скорняк» фиксируется редко, а прозвища от названий профессий обычно образовывались иначе (Скорняк → Скорняков).

Географически фамилия не имеет ярко выраженного ареала, но по данным переписей XIX–XX веков чаще встречается в центральных губерниях России — Владимирской, Костромской, Нижегородской. В этих краях прозвище Скорюня могло закрепиться за крестьянином или ремесленником, отличавшимся расторопностью. В документах XVII века встречаются отдельные упоминания крестьян с именем Скорюня, но массово фамилия распространилась позже, после отмены крепостного права, когда бывшие крепостные получали фамилии по прозвищам предков.

В написании фамилии устойчива буква «ю» в корне, что исключает путаницу с омонимичными формами от слова «скорый» (Скоров, Скориков). Вариант Скорюнов — строго патронимический, то есть указывающий на конкретное прозвище родоначальника, а не на его профессию или качество в абстрактном смысле. Таким образом, предки носителей этой фамилии с большой вероятностью были людьми подвижными, быстрыми в работе или, наоборот, нетерпеливыми в быту — именно эта черта и закрепилась за их родом.