Фамилия Скубейникова — это женская форма, а её мужской вариант — Скубейников. В основе фамилии лежит прозвище или профессиональное имя Скубейник, которое образовано от глагола «скубти» — в древнерусском и диалектах это значило «рвать, драть, щипать, теребить». В словаре Владимира Даля зафиксировано слово «скубач» — тот, кто дерёт лён или шерсть, а также «скубка» — процесс очистки волокна. Следовательно, Скубейником могли называть человека, занятого обработкой льна или конопли: он отрывал кострику, теребил волокно, готовил сырьё для пряжи. Это ремесло было распространено в северных и центральных губерниях России, где лён был основной культурой.

Суффикс -ейник нестандартен для русских фамилий. Обычно профессиональные прозвища оформлялись через -ник (Скорняк — Скорняков, Пряха — Пряхин), но здесь мы видим -ейник, что может указывать на диалектное или местное словообразование. В ономастике такие формы встречаются редко, и Скубейников — один из примеров, когда прозвище закрепилось в необычном суффиксальном варианте. Похожие фамилии — Скубачев, Скубков, Скублин — имеют ту же основу, но другой суффикс. Скубейников выделяется именно этим -ейник, что делает его ценным для историков языка.

География фамилии неширокая. По данным современных справочников, Скубейниковы встречаются преимущественно в Центральной России и Поволжье, особенно в Нижегородской и Костромской областях. Это совпадает с районами традиционного льноводства. Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или ремесленная: предки Скубейниковых не принадлежали к дворянству или духовенству, а занимались обработкой волокна. В записях XVIII–XIX веков такая фамилия могла появиться у государственных крестьян или посадских людей, которые имели прозвище по занятию.

Интересная деталь: в некоторых говорах «скубейник» означало не человека, а инструмент — приспособление для очистки льна. Если так, то фамилия могла перейти от названия орудия к его владельцу, что тоже встречается в русской ономастике (например, Топоров, Молотов). Но первая версия — с прямым указанием на ремесло — кажется более вероятной, так как прозвища по действию («скубти») в русской антропонимии обычны.