Фамилия Скубида — редкий случай, когда прозвище перешло в наследственное имя почти без изменений, без типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Она явно невеликорусского происхождения, и в этом её главная особенность.

Скорее всего, основа фамилии восходит к украинскому или белорусскому диалектному слову «скубида». В этих говорах «скубити» означает «щипать», «драть», «теребить», а суффикс -ида придаёт слову оттенок деятеля или носителя свойства. Таким образом, «скубида» — это прозвище для человека, который постоянно щиплет, дёргает, придирается, либо для того, кто занимается щипанием (например, щипал корпию или лён). В переносном смысле так могли назвать сварливого, въедливого человека, который «щиплет» других придирками.

По модели образования фамилия Скубида близка к украинским и польским прозвищным фамилиям на -ида (сравните: Нежида, Бовтурида). Географически она чаще всего встречается на западе Украины и в южных областях Беларуси, что подтверждает её западнорусские или польские корни. В польском языке есть слово «skubać» с тем же значением «щипать», а суффикс -ida характерен для польских прозвищ, поэтому не исключено и польское влияние.

Есть и менее вероятная, но упоминаемая в любительской ономастике версия: связь с литовским «skubėti» (спешить) или «skubus» (поспешный). Тогда Скубида — «торопыга». Однако фонетически эта версия слабее: ударение и суффиксация в литовском не дают прямого соответствия русскому «скубида». Основная и самая правдоподобная версия — прозвище от глагола «скубити» с яркой отрицательной или ироничной характеристикой.

Социально фамилия не указывает на знатное происхождение: такие прозвища давали крестьянам, ремесленникам или казакам. В дворянские гербовники она не попала. Сегодня Скубида — фамилия малочисленная, её носители в России — это, скорее всего, потомки переселенцев с Украины или из Беларуси, сохранившие исходную форму без русификации.