Фамилия Скубиев происходит от личного прозвища Скубий, которое легло в основу фамилии по стандартной для русской ономастики модели: потомок Скубия стал писаться как Скубиев. Корень прозвища — глагол «скубти» или «скубать». В «Толковом словаре живого великорусского языка» Владимира Даля это слово означает «щипать птицу». Отсюда первая и самая очевидная версия: предок мог заниматься разведением домашней птицы или обрабатывать её тушки — например, ощипывать перед готовкой. Не исключено, что прозвище закрепилось за поваром, в чьи обязанности входила эта работа.

Однако у слова есть и другое, менее известное значение. В смоленских говорах «скубти» употребляли в смысле «прясть». Если принять эту версию, родоначальник Скубиевых мог быть прядильщиком — человеком, который занимался прядением нити. Такое занятие в крестьянском быту было распространено, но прозвище, данное по ремеслу, встречается реже, чем по имени или черте характера, поэтому эта гипотеза имеет право на существование наравне с первой.

Существует и третья трактовка, выводящая прозвище за пределы славянских корней. Исследователи сближают «Скубий» со старолитовским словом skuba, что значит «торопливость, спешка». В этом случае прозвище отражало бы не род занятий, а особенности поведения: поспешность, суетливость, торопливость в делах. Такая версия менее вероятна, поскольку для русских фамилий, образованных от глаголов, типичнее бытовая, «ремесленная» основа, но полностью исключать её нельзя — в пограничных с Литвой регионах подобные заимствования встречались.

Сама фамилия Скубиев устроена просто: к основе Скубий добавили типичный русский суффикс притяжательности -ев, указывающий на принадлежность. Такой способ образования характерен для фамилий, возникших в XV–XVII веках, когда прозвища главы семьи закреплялись за его детьми и внуками. В отличие от фамилий на -ин или -ский, форма на -ев встречается реже, что делает Скубиева заметным на фоне более частотных вариантов.

Из известных носителей можно назвать Владимира Скубиева, занимавшего должность старшего помощника прокурора Забайкальского края. Это редкий случай, когда о фамилии есть публичная информация, но в целом Скубиевы не относятся к числу широко известных родов — фамилия остаётся локальной и малочисленной.