Фамилия Скубиенко — яркий пример украинской модели фамилии, образованной с помощью суффикса -енко. В украинской ономастике этот суффикс — один из самых распространённых: он указывал на «малого», «сына» или «потомка» человека, чьё имя или прозвище легло в основу. То есть Скубиенко — буквально «сын Скубия» или «потомок Скуба».

Разбор начинается с корня «Скуб-». Самая вероятная версия связывает его с глаголом «скубати» (диалектное украинское «щипать», «драть», «рвать»). В говорах «скубий» или «скуб» — прозвище человека, который занимался скубанием: мог быть тем, кто щипал лён, коноплю, птицу, или же человеком с резким, «щиплющим» характером. Менее распространённая, но допустимая версия — от древнего личного имени или прозвища Скуба, которое могло быть связано с польским «skubać» (то же значение — щипать) и попасть на украинские земли через Речь Посполитую.

Фамилия Скубиенко бытует преимущественно в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев на Кубани и в Сибири. В дореволюционных переписях её носители — в основном крестьяне и казаки, реже — мещане. Дворянского происхождения у фамилии нет: суффикс -енко в малороссийской среде оставался «простонародным» и не перешёл в шляхетскую фамильную модель, закрепившись за казачьей и крестьянской средой.

Если сравнивать с однокоренными, то Скуб — более короткая форма, встречающаяся реже, а Скубенко — почти то же, что и Скубиенко, но с ударением на первый слог. Вариант с «и» (Скубиенко) — результат адаптации украинского произношения к русской письменной традиции, где безударное «ы» передаётся как «и». Так что фамилия — живой след того, как прозвище по занятию или черте характера превратилось в родовое имя, сохранившееся до наших дней.