Фамилия Скубий — типичный образец украинской модели фамилий, где наследственное имя полностью совпало с прозвищем, без добавления суффиксов. Это отличает её от великорусских фамилий на -ов и -ин и сразу указывает на регион формирования. В основе лежит диалектный глагол «скубти», который в смоленских, псковских и саратовских говорах означал «щипать, прясть», «скоблить, ощипывать птицу, драть за волосы, скубить кудель», а в курских — «чесаться». Отсюда и двойное прочтение прозвища: оно могло указывать либо на род занятий, либо на характер человека.

Если следовать первой версии, предок носителя фамилии мог заниматься прядением нитей, изготовлением ткани или обработкой шкур — работа, требовавшая ощипывания, скобления, выдирания волокна. Прозвище могло закрепиться и за поваром, который ощипывал птицу. Вторая версия рисует портрет непоседливого, озорного человека, которого дразнили за привычку чесаться или суетливость.

Степан Веселовский в своих ономастических работах фиксирует родственные прозвища, что подтверждает древность корня: новгородский крестьянин Скубило упоминается в 1495 году, рязанский крестьянин Скубятин (Скубятев) Андрей — в 1530-м. Эти записи показывают, что основа «скуб-» была жива в разных регионах и давала разные по форме прозвища, но украинская версия Скубий сохранила краткую, усечённую форму.

Интересно, что в самой фамилии нет суффикса принадлежности — ни -енко, ни -ук, ни -ов. Это говорит о том, что прозвище довольно рано заменило крестильное имя и закрепилось в документах как самостоятельное наследственное имя. Точное время и место возникновения фамилии назвать сложно: процесс становления украинских фамилий растянулся на столетия, и в разных регионах он шёл с разной скоростью. Но сам факт бытования глагола в северных и южных говорах позволяет предположить широкую географию распространения фамилии, а не привязку к одной местности.