Фамилия Скубяк — редкий пример западнославянской или балтийской модели, адаптированной в восточнославянской среде. Её основа — прозвище или личное имя Скуба, Скуб, которое могло происходить от глагола «скубать» (диалектное — рвать, дёргать, трепать, например, лён или шерсть). В польском и украинском языках «скубати» означает «щипать», «драть», а «скубач» — тот, кто занимается такой работой: трепальщик льна, чесальщик шерсти или даже птицелов (щипающий птицу). Суффикс -як типичен для фамилий украинского, польского и белорусского происхождения: он указывает на лицо по действию или признаку (ср. Гончар — Гончарук, Коваль — Коваляк). Таким образом, Скубяк — это «сын Скубы» или «человек, связанный со Скубой», а сам Скуба — прозвище по занятию или внешности (например, «оборванец», «тот, кто дёргает»).

Интересно, что фамилия почти не встречается в центральной России, но фиксируется в западных областях Украины (Львовская, Тернопольская) и на юго-востоке Польши. В польских источниках форма Skubiak встречается чаще, чем Скубяк, что говорит о фонетической адаптации на русской почве: польское «skub» (скуб) перешло в «скуп» или «скуб», а суффикс -як сохранил ударение на последнем слоге. Есть и другая, менее вероятная версия: связь с литовским «skubus» — «поспешный», «торопливый», но для фамилии с таким суффиксом это нехарактерно.

Социально предки Скубяков скорее всего были крестьянами или ремесленниками, занятыми в обработке льна или шерсти — в тех регионах, где это было основным промыслом. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её «низовое» происхождение. В современной России фамилия редкая, встречается единично, в основном у потомков переселенцев с запада.