Фамилия Скуточкин — редкий пример образования от прозвища, связанного с бытовой или психологической характеристикой человека. В её основе лежит слово «скука» или глагол «скучить» (испытывать скуку, тосковать). Прозвище Скучка или Скуток могли дать человеку унылому, неразговорчивому, склонному к меланхолии, либо, наоборот, тому, кто сам нагонял тоску на окружающих. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «скут» — в некоторых говорах так называли остаток, обрывок ниток или тряпки, но тогда фамилия писалась бы через «т» в корне (Скут-), а не через «ч».

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Скуточкин — «сын Скуточки». Форма Скуточка — это уменьшительно-ласкательное от Скутка или прямое прозвище с суффиксом -очк-, который в русских фамилиях встречается редко. Обычно он характерен для фамилий, образованных от женских прозвищ или имён (Мариночкин, Алёнушкин), но здесь основа мужского рода. Это наводит на мысль, что прозвище Скуточка могло быть ироничным или насмешливым — так могли назвать ребёнка или взрослого с постоянным выражением лица «кислая мина».

В документах фамилия почти не встречается. По данным переписей населения, Скуточкины единично зафиксированы в центральных областях России, преимущественно в Ярославской и Костромской губерниях. Это указывает на возможное происхождение из северо-восточных земель, где диалектное слово «скучить» сохранялось дольше. Ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна) не выделяют Скуточкина в отдельную статью, но по модели образования она полностью вписывается в ряд фамилий от прозвищ с эмоциональной окраской: Скукин, Скучнов, Тоскин.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает точнее определить значение. Если Скукин — от «скука» напрямую, а Скучнов — от прилагательного «скучный», то Скуточкин стоит особняком: суффикс -очк- смягчает основу, придаёт прозвищу не столько уничижительный, сколько фамильярный оттенок. В крестьянской среде такие прозвища могли закрепляться за людьми с медлительным характером или за теми, кто любил жаловаться на жизнь. Сословной принадлежности фамилия не выдаёт — её носители могли быть и крестьянами, и мещанами, но в дворянские роды она точно не попала.