Фамилия Смольенинова — женская форма, а её мужской вариант пишется как Смольенинов. При первом взгляде бросается в глаза нетипичный суффикс -енинов. В русских фамилиях чаще встречается -инов или -ов, а здесь мы видим более редкую модель, которая указывает на образование от основы, оканчивающейся на -еня. Это сразу отсекает версию о прямой связи со словом «смоль» (смола) через стандартное притяжательное прилагательное.

Корень «Смоль-» в данном случае восходит к прозвищу или мирскому имени Смольня, а точнее — к его производной форме Смольеня. Такие имена в старину давали по месту жительства: «смольня» означало жителя города Смоленска или выходца из Смоленской земли. Суффикс -еня в древнерусских именах часто имел уменьшительно-ласкательный оттенок (как Гаврила — Гавриленя). Таким образом, Смольеня — это «смолянин, смоленский человек», а Смольенинов — буквально «сын Смольени» или «потомок того, кого звали Смольеней».

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: прозвище Смольеня могло относиться к человеку, который занимался смолокурением или дёгтеварением — то есть «смолил» лодки или обрабатывал древесину. Однако географическая привязка к Смоленску выглядит убедительнее, поскольку прозвища по городам были массовыми, а профессиональные клички редко образовывали столь развёрнутую суффиксальную цепочку.

Фамилия редкая и по переписям XIX века встречалась в основном в центральных губерниях России, особенно в Московской и Калужской — зонах, куда активно переселялись выходцы из Смоленщины после войн и эпидемий. Дворянской фамилия не была: её носители, судя по архивным данным, числились среди крестьян и мещан. Запись «Смольенинов» в метрических книгах иногда путали с более распространённой фамилией Смольянинов, но разница в суффиксе принципиальна: Смольянинов происходит напрямую от слова «смольянин», а Смольенинов — от личного имени Смольеня, что делает её более древней по типу образования.