Фамилия Сморкунов — одна из тех, где исходное прозвище, скорее всего, связано с диалектным глаголом «сморкать» (сморкаться). В русских говорах это слово имело не только прямое физиологическое значение, но и переносное: «сморкуном» могли называть плаксивого, капризного ребёнка, который постоянно шмыгает носом, или же неряшливого, неопрятного человека. В основе лежит не столько оскорбление, сколько бытовая наблюдательность — прозвище давали по заметной внешней черте.

Модель образования проста и прозрачна: основа «Сморкун» плюс типичный русский патронимический суффикс -ов. Это значит, что Сморкуновы — потомки человека по прозвищу Сморкун. Фамилия образовалась на восточнославянской территории, скорее всего, в среде крестьян или посадских людей, где такие «домашние» прозвища были обычным делом и позже закреплялись в документах.

Интересная деталь: у фамилии есть фонетический двойник — Смаркунов. В некоторых говорах безударное «о» произносили как «а», и на письме это отражалось. Поэтому, если встретите вариант Смаркунов, это, скорее всего, та же фамилия, записанная на слух. Оба варианта редки и не имеют отношения к известным дворянским родам — это фамилия народная, корнями уходящая в повседневный язык и бытовые наблюдения за человеком.