Имя Сонько, предположительно, представляет собой производную форму одного из мужских крестильных имен: Самсон (в переводе с древнееврейского – «солнечный») или Сасоний (древнееврейское, «радость»). Возможно также, что Сонько – это уменьшительная форма женского крестильного имени Софья, которое в переводе с греческого означает «мудрость». Согласно еще одной гипотезе, фамилия Сонько образована от аналогичного прозвища, восходящего к нарицательному «соня» - «тот, кто любит много спать». Вероятно, это прозвище содержало указание на привычки основателя фамилии Сонько. Веселовского упоминается родственное именование: крестьянин Соня (1545 г., Новгород).