Фамилия Спиридоно — редкий случай, когда окончание не даёт сразу понять, откуда человек родом. Типичное русское окончание фамилий — -ов, -ев, -ин. Здесь же финальное -о, которое в славянском мире характерно для украинских фамилий (средний род, часто от прилагательных или прозвищ в форме «на -о»). Однако у Спиридоно есть и другая, более вероятная версия происхождения: это русифицированная форма греческой фамилии. В Греции фамилии часто образуются от личных имён с окончанием на -о или -у (например, Пападимитриу, Николау), и при переселении в Российскую империю окончание могли не менять, просто адаптируя ударение.

Основа фамилии — мужское имя Спиридон. Это имя греческого происхождения, от слова «спиридон» — «корзина», «плетёная корзина». В христианской традиции имя связано со святым Спиридоном Тримифунтским, почитаемым как чудотворец. В простонародье на Руси имя часто переделывали в Спиридон, Спиридонка, а фамилию от него образовывали стандартным способом: Спиридонов. Но Спиридоно — это либо усечённый вариант (отпало окончание -в, что иногда встречается в украинской среде), либо, что правдоподобнее, фамилия греческого или молдавского происхождения, где такие формы сохранились.

Географически фамилия Спиридоно встречается в южных регионах бывшей Российской империи: на Кубани, в Причерноморье, а также среди греков Приазовья. В некоторых случаях это может быть и румынская фамилия (в Молдавии и Румынии фамилии на -о тоже не редкость). Таким образом, предки носителя фамилии Спиридоно с большой вероятностью были либо греками, переселившимися в Россию в XVIII–XIX веках, либо выходцами с Украины или Молдавии, где фамилию записали без привычного русского суффикса. Сословного вывода по одной фамилии сделать нельзя — она могла принадлежать и священнику (в честь святого), и крестьянину, и купцу. В любом случае, это не массовая, а локальная фамилия, сохранившая редкую форму.