Фамилия Спиряхин образована по модели, характерной для северных и северо-восточных областей России. Суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), но основа здесь необычна: она содержит редкий формант -ях-. В русской ономастике суффикс -ях- (в фамилиях на -яхин, -яхов, -ягин) часто встречается в Поволжье, на Вятке и в Пермском крае. Это один из признаков, по которому можно судить о происхождении рода: Спиряхины, скорее всего, вышли из среды крестьянского или посадского населения Русского Севера или Приуралья.

В основе фамилии лежит личное имя Спиря — разговорная форма канонического имени Спиридон. В народной среде это имя приобрело множество производных: Спира, Спиря, Спирька, Спироня. От Спиридона образованы фамилии Спиридонов, Спирин, Спиров, Спиринский. Спиряхин стоит в этом ряду особняком: суффикс -ях- добавляет к основе значение ласкательности или уменьшительности, но не простой, а с оттенком «сын Спири». То есть Спиряха — это человек, которого в быту звали ласково или пренебрежительно: «Спиря» плюс «-яха» (как в именах Тимоха, Митяха). Первоначально Спиряха — прозвище или домашнее имя, а Спиряхин — буквально «потомок Спиряхи».

Двойная суффиксация (сначала -ях-, потом -ин) — редкая, но не уникальная модель. Она встречается в фамилиях Ваняхин, Костяхин, Петряхин. Такая форма говорит о том, что фамилия сложилась не в книжной, а в устной традиции, скорее всего, в XVI–XVII веках, когда на Русском Севере активно шёл процесс закрепления прозвищных фамилий. В переписных книгах того времени можно встретить крестьян с именем Спиряха, но в качестве фамилии Спиряхин встречается нечасто — это указывает на локальный характер фамилии.

Если говорить о значении корня, то имя Спиридон греческого происхождения, от слова «спиридон» — «корзиночка», «плетёная корзинка». В народном сознании это имя связывали со святым Спиридоном Тримифунтским, покровителем земледельцев и скотоводов. Однако прозвище Спиряха могло возникнуть и независимо от святого — просто как бытовое именование человека по имени Спиридон. Никакой дополнительной семантики (ремесло, внешность) в основе фамилии нет: она чисто патронимическая, то есть указывает на предка по имени.

В современных справочниках фамилия Спиряхин фиксируется как редкая. По данным переписей, носители живут в основном в Кировской области, Пермском крае и Республике Коми — что полностью совпадает с историческим ареалом бытования суффикса -яхин. Таким образом, Спиряхины — это потомки крестьян или посадских людей из северных уездов России, чей предок носил уменьшительное имя Спиряха от Спиридона.