Фамилия Спирына — редкий случай, когда написание с буквой «ы» во втором слоге не является ошибкой, а указывает на диалектное или старое произношение. В большинстве похожих фамилий (Спирин, Спиров) основа та же, но суффикс -ин присоединяется к форме имени, оканчивающейся на твёрдый согласный. Здесь же мы видим Спирын-а — форма, которая могла закрепиться в говорах, где «ы» на месте этимологического «и» встречалось чаще, или в результате яканья: Спиря вместо Спира.

В основе фамилии лежит каноническое имя Спиридон. В просторечии его сокращали до Спиря, Спира, Спирька. От уменьшительной формы Спира с помощью притяжательного суффикса -ын (фонетический вариант -ин после твёрдых согласных) и образовалось прозвище главы семьи — Спирын, то есть «сын Спиры». Со временем это прозвище перешло в фамилию, закрепив за потомками принадлежность к конкретному роду.

Географически фамилия Спирына тяготеет к северо-западным и центральным областям России, где формы с «ы» в суффиксе притяжательных прилагательных встречаются в документах XVII–XVIII веков. В современных справочниках она классифицируется как редкая: по данным переписей, её носители сосредоточены в нескольких сёлах, а не разбросаны по всей стране.

С точки зрения словообразования, Спирына стоит в одном ряду с фамилиями типа Марына (от Марья), Горына (от Горя) или Дорына (от Дора). Отличие лишь в том, что основа мужского имени, а суффикс сохранил архаичное написание. Никаких иноязычных корней или связи с названиями животных (спирула, спирилла) здесь нет — этимология прозрачная и чисто славянская.

Если искать параллели, то фамилия Спирин встречается в десятки раз чаще, и именно её обычно дают как основную версию при поиске. Спирына — не вариант ошибки, а локальное ответвление, которое сохранило более древнюю фонетическую черту. Для носителя это значит, что его предки, скорее всего, жили в местности, где письменная традиция или устная речь закрепили форму, не поддавившуюся общелитературной норме.