Фамилия Стафионов — редкий случай, когда прямое значение основы почти стёрто, а версии расходятся. В ней отчётливо видна модель с суффиксом -ов, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: Стафионов — сын Стафиона. Вопрос в том, что такое «Стафион» и откуда это имя взялось.

Самая вероятная версия — греческие корни. В греческом языке есть слово «стафилос» (στάφυλος), что значит «виноград» или «виноградная гроздь». В православных святцах известно имя Стафилий (святой мученик), но форма Стафион могла возникнуть как народный, упрощённый вариант греческого имени или прозвища. Тогда Стафионов — потомок человека, которого за что-то прозвали Виноградом или Виноградарем, либо назвали в честь святого. Такое имя-прозвище могли дать виноградарю или просто смуглому человеку с тёмными глазами, как гроздь.

Вторая версия — местная, исконно славянская. В русских говорах встречается слово «стафить» (медлить, тянуть), а в некоторых диалектах «стаф» означало «упрямец». Но эта гипотеза слабее: глагол редкий, а фамилии от него образовывались бы скорее через суффикс -ин (Стафин). Форма Стафионов уверенно указывает на полное имя Стафион, а не на усечённую основу.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине — регионам, где сильны греческие диалектные влияния и православные традиции. Встречается она редко, и в дореволюционных списках её почти нет, что говорит о позднем оформлении: скорее всего, фамилия закрепилась в крестьянской или мещанской среде в XIX веке, когда церковные имена адаптировали на русский лад.

Сравните с однокоренными: Стафиев, Стафиленко, Стафиопуло — все они отсылают к той же греческой основе. Но Стафионов уникален тем, что сохранил суффикс -он, который в русской ономастике встречается редко и обычно указывает на греческое происхождение имени-основы. Так что, скорее всего, предок носителя этой фамилии был либо выходцем из греческой среды, либо получил прозвище по занятию, связанному с виноградом.