Фамилия Станишнев — редкая по структуре и звучанию. Её основа и суффикс сразу указывают на географию и способ образования. Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая от названия населённого пункта или от прозвища, связанного с определённым местом.

Корень «Станишн-» восходит к слову «стан» — в древнерусском языке это мог быть и военный лагерь, и место для остановки в пути, и административная единица (стан как часть уезда). Суффикс «-ев» — типичный патронимический или топонимический. Однако форма «Станишнев» необычна: суффикс «-шн-» в основе характерен для прилагательных, образованных от существительных с помощью суффикса «-шн-» (например, «станишный» — относящийся к стану). То есть исходным могло быть прозвище «Станишный» — человек, живший при стане, при дорожной станции, или тот, кто был связан с административным станом (становой пристав, например). Фамилия, скорее всего, оформилась в северных или центральных русских говорах, где такие формы прилагательных встречаются чаще.

Другая версия — топонимическая. В России есть несколько деревень с названием Станишное, Станишня (например, в бывшей Тверской губернии). Житель такой деревни мог получить прозвище Станишнев — «из Станишного». Суффикс «-ев» в этом случае указывает на принадлежность: «чей?» — Станишнев, то есть сын или потомок человека из Станишного.

Третья, менее вероятная версия — от личного имени или прозвища «Станишня», которое могло быть уменьшительной формой от канонического имени Станислав. Но для этого имя должно было бытовать в простонародной среде, что маловероятно для центральной России, где Станислав — скорее польское или западнорусское имя. Поэтому версия с топонимом или прозвищем по месту службы выглядит убедительнее.

Фамилия Станишнев — редкая, не входит в списки самых распространённых, что подтверждает её локальное происхождение. Носители этой фамилии, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних сёл, где существовал стан или деревня с похожим названием. Социальный состав предков мог быть разным: от крестьян, живших при стане, до мелких служащих (становых, ямщиков). Чёткой привязки к дворянству или духовенству нет — фамилия типично крестьянская или мещанская.