Фамилия Станкайтис — одна из тех, что выдают литовское или жемайтийское происхождение своего носителя. Её выдает характерный суффикс -айтис (-aitis), который в литовской антропонимии указывает на сына, потомка или принадлежность к роду. Это типичная патронимическая модель: если отца звали, условно, Станкас, то его сын получал прозвище Станкайтис, то есть «сын Станкаса». В польской традиции, под влиянием которой оказалась значительная часть литовской шляхты, такой суффикс нередко заменяли на -евич, но в самой Литве форма на -айтис сохранилась как основная.

Основа фамилии — личное имя или прозвище Станкас. Это уменьшительная форма от полного имени Станисловас (литовский аналог славянского Станислав). В литовском языке имя Станисловас сокращалось до Станёс, Станкас, Станюкас. Таким образом, Станкайтис — это буквально «маленький Стан» или «сын Стана». Встречается и версия, что Станкас могло быть самостоятельным прозвищем, данным за устойчивость или постоянство (от лит. stangus — упругий, стойкий), но она менее убедительна: большинство таких фамилий всё же восходят к христианским именам.

Географически фамилия тяготеет к северо-восточным районам Литвы и к исторической Жемайтии. После разделов Речи Посполитой и переселений часть носителей оказалась на территории современной Беларуси (особенно в Витебской и Гродненской областях) и в Латгалии. В России фамилия редкая, встречается в основном среди потомков литовцев, высланных в Сибирь в XIX–XX веках, или у тех, кто переехал в советское время.

Написание фамилии могло варьироваться в зависимости от языка документов: в метрических книгах Российской империи нередко писали «Станкайтисъ», а в польских записях — Stankajtis. Современный литовский вариант — Stankaitis. Если ваш предок носил эту фамилию, он почти наверняка был крестьянином или мелким шляхтичем из литовских земель, а сама фамилия фиксирует его родовую связь с человеком по имени Станислав.