Фамилия Степанишен — это, скорее всего, фонетический вариант более распространённой фамилии Степанишин. Такая замена конечного «-ин» на «-ен» типична для юго-западных русских говоров и украинского языка, где звук [ы] после шипящих и мягких согласных переходит в [и] или [е]. Поэтому не стоит искать в этой фамилии отдельный редкий корень — перед нами та же самая история, что и у фамилии Степанишин, но записанная на слух в той местности, где жили её первые носители.

В основе обеих фамилий лежит имя Степаниша — ласкательная или обиходная форма крестильного имени Степан (церковнославянская форма — Стефан). Стефан — имя древнегреческое, и переводится оно как «венок». В христианской традиции Стефан известен как первомученик: он первым выступил в Синедрионе — законодательном собрании Иерусалима — с обвинительной речью против священников, повинных в смерти Христа, и погиб от рук разъярённой толпы, став первой жертвой гонений на апостолов.

Модель образования проста: имя Степаниша само по себе уже было «уменьшительным» по отношению к полному Степан, а суффикс «-ен» (или «-ин» в исходном варианте) указывал на принадлежность. То есть Степанишен буквально значит «сын Степаниши», «тот, кто из рода Степанишиных». Потомок человека, которого в кругу семьи звали Степанишей, со временем и получил фамилию в такой форме.

Интересно, что фамилии с суффиксом «-ен» вместо «-ин» встречаются реже и часто вызывают споры о происхождении. Кто-то пытается вывести их из польского или белорусского влияния, но в случае со Степанишен это излишне: перед нами типичный пример народной фонетики, когда письменная форма не успела закрепиться, а устная речь диктовала своё произношение. Сословной привязки у фамилии нет — крестильное имя было распространено повсеместно, а значит, предки могли быть и крестьянами, и мещанами, и служилыми людьми.