Фамилия Стефанишен — редкий случай, когда географическая привязка оказывается важнее лингвистического разбора. Перед нами не русская и не украинская фамилия в привычном понимании, а, скорее всего, фамилия немецкого или еврейского происхождения, записанная на слух по-русски.

Основа фамилии — личное имя Стефан (от греч. «стефанос» — венец, корона). В разных европейских языках оно дало формы Штефан, Степан, Иштван. Суффикс «-ишен» — это германский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность: «сын Стефана» или «из семьи Стефана». В немецком языке такая модель (Stefan + ischen) дала бы фамилию Stefanischen или Steffenschen. В славянских языках подобный суффикс нехарактерен. Встречающееся в польском окончание «-ишен» — результат ополячивания немецких фамилий в Галиции или Силезии.

Таким образом, предок носителя фамилии Стефанишен был, скорее всего, этническим немцем (или евреем-ашкеназом, говорившим на идише, который близок к немецкому) из региона, где смешивались славянские и германские языки — например, из Восточной Пруссии, Силезии, Прибалтики, Волыни или Галиции. Фамилию могли записать в метрические книги при переселении в Российскую империю, когда чиновник передавал звучание «Штефанишен» на слух как «Стефанишен», заменив «Ш» на «С» по аналогии с русским именем Степан.

Вторая, менее вероятная версия — искусственное происхождение в среде семинаристов. В духовных училищах XIX века ученикам нередко давали фамилии по имени святого, добавляя латинизированные или полонизированные суффиксы. Однако окончание «-ишен» для этой традиции слишком редкое и специфическое, поэтому версия с немецким корнем выглядит намного правдоподобнее.

В современной России фамилия Стефанишен встречается единично, что подтверждает её узколокальное происхождение. Скорее всего, это потомки одной семьи, переселившейся с запада империи. В отличие от массовых русских фамилий на -ов/-ев, эта фамилия сохранила свою первоначальную форму почти без изменений.