Фамилия Стефан — редкий случай, когда фамилия и лежащее в её основе личное имя звучат одинаково. В русской традиции фамилии на -ов, -ин или -ский образовывались от имени предка: Степанов, Степанкин, Степашин. Форма Стефан — это не переоформленная версия, а застывшая исходная форма имени, которая стала фамилией без добавления типичных суффиксов. Чаще всего такую модель встречаем у выходцев из западнорусских земель, украинского или белорусского пограничья, а также у представителей духовенства и польской шляхты, где фамилии нередко оставляли в «чистом» виде — без патронимического окончания.

Имя Стефан — церковнославянская и греческая форма, соответствующая русскому Степан. В переводе с древнегреческого «стефанос» означает «венок», «венец». В православной и католической традиции это имя связано с первомучеником Стефаном, поэтому оно было широко распространено среди всех сословий. Однако фамилия Стефан, а не Степанов, могла указывать на принадлежность к среде, где имя употребляли именно в книжной, церковной форме — в семьях священников, дьяконов или псаломщиков. В некоторых случаях фамилию могли получить и крестьяне, но тогда она скорее фиксировала прозвище по имени отца, записанное в документах «по-писарски» — официально, без народной переделки.

С географической точки зрения, фамилия Стефан в дореволюционной России была заметно чаще в западных губерниях — Волынской, Подольской, Киевской, а также среди греческого и сербского населения юга империи. В центральной России и на севере её почти не встречали, там доминировали Степановы. Это делает фамилию маркером определённого миграционного или культурного слоя: либо потомки переселенцев из Речи Посполитой, либо представители малороссийского казачества, где фамилии без суффиксов были нормой.

Ономастический словарь Бориса Унбегауна относит фамилию Стефан к числу «неоформленных» — то есть таких, которые не получили типичного русского окончания. В его классификации это сближает её с фамилиями типа Гаврила, Данила, Фома — все они сохранили форму именительного падежа. Однако Стефан стоит особняком: это не просто имя, а заимствованная книжная форма, которая в бытовой речи почти не употреблялась. Поэтому носитель такой фамилии с большой вероятностью происходит из среды, где грамотность и церковное образование были выше среднего.

Встречаются и редкие варианты написания — Стефан с ударением на первый слог или с двойным «ф» (Стеффан), но это уже поздние искажения при переписи или эмиграции. В современной России фамилия остаётся малочисленной, но устойчивой — её не вытеснили массовые Степановы, что говорит о сохранении семейной традиции записи фамилии в первоначальном виде.