Фамилия Стефанова образована от канонического мужского имени Стефан, которое в переводе с древнегреческого (stefane) означает «венок», то есть «увенчанный». Это имя было широко распространено на Руси после Крещения, поэтому и фамилии, от него произведённые, встречаются повсеместно, а не только в какой-то одной местности.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: к основе имени Стефан добавили притяжательный суффикс -ов, а затем родовое окончание -а. Такую форму получали, когда глава семьи носил имя Стефан: буквально Стефанова означало «жена Стефана» или «дочь Стефана», а уже потом закрепилось как наследственная фамилия. Мужской вариант — Стефанов — принадлежал самому носителю или его потомкам по мужской линии.

Имя Стефан встречалось очень часто, потому что в церковном календаре именины Стефана отмечаются много раз в году — в честь апостолов, мучеников и святых, носивших это имя. Самым почитаемым среди них считается первомученик архидиакон Стефан, один из первых учеников Христа. Частота именин напрямую влияла на популярность имени: чем больше святых покровителей, тем охотнее родители называли так детей.

Интересно, что имя Стефан дало не только фамилию Стефанов/Стефанова, но и целый ряд родственных фамилий: Степанов, Степаненко, Стефашин, Стефановский. Разница между ними — в суффиксах, которые указывали на регион или социальную среду. Например, форма с -енко типична для украинских земель, а с -ский чаще встречалась у дворянства или духовенства. Фамилия же Стефанова сохранила наиболее архаичный, «древнерусский» вариант основы, без смягчения «ф» в «п», которое произошло позже в народном произношении.

Встречаются и редкие случаи, когда фамилию Стефанова давали не по имени отца, а по фамилии священника или по названию прихода в честь святого Стефана. Однако это скорее исключение, чем правило: подавляющее большинство носителей фамилии — потомки людей, чьих предков крестили с именем Стефан.